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农业与生物工程学院（牡丹学院）成立于2017年7月，由原生命科学系、园林工程系和资源环境系的农学类专业组建而成，是菏泽学院最具有鲜明办学特色和学科优势明显的学院之一，2024年获批山东省专业特色学院（专业特色现代高效农业）。学院现设有生命科学系、农林系、食品与生物工程系三个教学系，拥有“生物工程、生物科学、食品科学与工程、园艺、设施农业科学与工程”5个本科专业，“药品生物技术、园艺技术、设施农业与装备、种子生产与经营、农产品加工与质量检测”5个专科专业，在校生2200余人。
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河南省地质局生态环境地质服务中心于2022年6月9日挂牌成立，由原河南省煤田地质局资源环境调查五院和原河南省地质矿产勘查开发局第二地质环境调查院合并组建。
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